接续前作《哥吉拉X机械哥吉拉》的故事，一年前与哥吉拉的决战，机龙受损程度37%，失去了右腕及终极武器——绝对零度炮。维修组员中条义人在八王子基地负责修复机龙的工作。某日中条在他叔叔信一的别墅家渡假时，婴儿岛的小美人精灵竟然出…

暗黑路基艾尔在引发的暗黑火花战争中用拥有让所有生物陷入时间停歇的暗黑波动将所有的奥特曼，怪兽和宇宙人变成人偶，后在突然出现的奥特曼银河导致两败俱伤，双方因能力用尽而进入沉睡状态。人偶变成流星降落到地球上，从外国回来的礼堂…

日本，幕府时代，流浪中的瞽女市在大雪中被人收留，收留她的男子心怀不轨，不想市一剑就将其刺伤。原来市深怀绝世剑法，流浪四方，目的是寻找一名男性盲人剑客。