正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作，将恐怖分子…

这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨…

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营…

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子召集巴特、陀古萨等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。…

2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅与生化人草薙素子在真室中佐…

2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅与生化人草薙素子在真室中佐…

电视动画《攻壳机动队ARISE ALTERNATIVE ARCHITECTURE》是剧场版《攻壳机动队ARISE》的TV再编集，除了剧场版全4话的内容之外，还将增加2话全新的章节，而新作的内容也与2015年上映的《攻壳机动队 新剧场版》内容有所关联。

第四次非核大战一年后的2027年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有…