东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，…

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起…

小兰的朋友原子家（铃木财团）准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。…

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者…

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他…

来自西卡利耶拉的女钢琴师利用亲善义演机会来日本委托城市猎人猎鹰寻找亲生父亲。却意外地卷入一项可怕的情报战当中，却也因此遇上她一心想找到的父亲，没想到父亲就是地方的情报员，然而她最想知道的是父亲当年离开母亲的原因，最后阿獠…

一位来自洛杉矶的妙龄女子竟愿意付出一百万美金雇用他们当保镖，又传出风声表示有人要暗杀城市猎人，不知道这名女子究竟是敌是友？

美树与阿香好不容易有机会参加海滩城市饭店的开幕仪式，没想到海怪和阿獠不但爽约，还意外为一个女孩子引起一场火拼。原来流亡海外的哥斯迪罗共和国的前独裁者基利阿姆将军为报复美国想利用海滩城市饭店的电脑入侵美国的战略防卫系统...…